安徽中醫學院創建於1959年，其前身為1952年創立的安徽省中醫進修班（學校）。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中醫學院，郭沫若先生題寫校名。1970年，安徽中醫學院並入安徽醫學院。1975年，國家教育部批准恢復安徽中醫學院。2000年，安徽省醫藥學校並入安徽中醫學院。2011年獲省政府批准組建安徽省中醫藥科學院（與安徽中醫學院一個機構二塊牌子）。
學校是國家博士學位授權立項建設單位、國家中醫臨床研究基地建設單位、國家中藥現代化科技產業（安徽）基地、國家中醫藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地、碩士研究生推薦免試單位，是安徽省第七、第八、第九屆文明單位。2005年以優良成績順利通過國家教育部本科教學工作水平評估，2009年學校以優異成績率先通過國家教育部中醫學專業試點認證。
學校現佔地總面積1268.8畝，有梅山路、史河路、少荃湖三個校區。佔地近1 000畝的少荃湖新校區建設被列入安徽省“861”計劃，2013年秋季開學一期工程竣工投入使用。教學科研儀器設備總值9600餘萬元。圖書館藏書160.9萬冊（其中紙質圖書87.2萬冊），古籍部珍藏古籍線裝書3.3萬冊，是“全國古籍重點保護單位”。中藥標本中心是全國醫藥院校珍藏標本最豐富、獨具特色的標本館，儲藏了11萬份藥用植物臘葉標本。新安醫學文化中心是安徽省中醫藥文化宣傳教育基地。
學校現有在校本專科生10 045人，碩士生764人，留學生69人。現有12個二級學院（部）、2所直屬附院、4所非直屬附院、10個中醫藥研究所。現有教職工2 400多人（含兩所附院），其中副高以上職稱人員500餘人，皖江學者·講席教授2人，博士生導師11人，碩士生導師298人，享受國務院特殊津貼35人、省政府特殊津貼5人，國家名老中醫學術經驗項目指導老師26人。有來自國內外的50餘名知名專家學者擔任我校客座教授。
學校現有4個一級學科碩士學位授予點、25個二級學科碩士學位授予點、2個專業學位碩士學位授予授權點，5個博士生聯合培養基地，29個本科專業（方向）。有 6個國家中醫藥管理局重點建設學科、1個省級重中之重學科，12個省級重點建設學科，6個衛生部國家臨床重點專科，21個國家中醫藥管理局重點建設專科、23個安徽省中醫藥重點專科。有5個國家教育部高等學校特色專業、6個省級特色專業，1門國家級精品課程、16門省級精品課程，2個國家級教學團隊、3個省級教學團隊，先後獲國家級、省級質量工程項目100餘項，國家級教學成果獎1項、省級教學成果特等獎1項、一等獎4項。
學校以人纔培養為第一要務，牢固確立教學中心地位，把提高教育教學質量作為永恆主題，注重學生創新精神與能力素質的培養，人纔培養質量不斷提高。廣泛開展PBL教學，在臨床專業建立客觀化結構考試中心，2010年開始與長春、福建2 所中醫藥大學開展相互交流培養學生；設立大學生課外科技創新與創業基金；開展“百人獲獎、千人參與、萬人受益”的大學生知識技能競賽和“挑戰杯”等各級各類競賽活動；廣泛開展各類社會實踐活動。2008—2012年學校共有學生190 餘人次在學術科技與創新創業領域獲省部級以上表彰和獎勵60 餘項。學校曾被授予全國大中學生志願者“三下鄉”社會實踐活動先進集體。2008年以來，學校畢業生平均就業率在94%以上，連續獲得安徽省普通高校就業工作“先進集體”或“標兵單位”稱號。
“十一五”以來，學校共承擔各級各類項目1400餘項，其中承擔國家“973”計劃、國家“863”計劃、國家科技支橕計劃、國家自然科學基金等國家級項目100餘項，科研經費2億餘元；取得研究成果300餘項，獲得省部級以上科技獎勵30餘項。現有4個省級科技創新團隊，24個省級以上重點實驗室及工程（技術）研究中心。建立了安徽省中藥材科技產業戰略聯盟。學校被國家科學技術部授予“全國科技特派員工作先進集體”稱號，被國家中醫藥管理局授予“中醫藥科技管理工作先進集體”稱號。
學校與美國、澳大利亞等17個國家和地區的41個醫療和教育機構建立了友好合作關系。1994年獲准招收國外留學生，先後有20多個國家和地區的學員來校攻讀碩士、學士學位以及臨床研修。與美國、瑞典、新加坡、日本、韓國及港澳臺地區的院校開展學者互訪交流和學生互換學習。
建校以來，我校培養了近3萬名高素質的中醫藥人纔，遍布安徽省及國內外醫藥領域。2000年以來，學校相繼與皖北中藥材支柱產業區、皖南新安醫學發源地、皖西大別山革命老區等市縣人民政府簽訂了全面科技合作協議，與河南宛西、江蘇康緣、華潤三九等國內知名中醫藥企業簽訂戰略合作協議，建有亳州濟人藥業等25個產學研合作基地，開展50多項技術服務。經過50多年的建設，學校已發展成一所以中醫藥學科為主，相關學科協調發展，辦學層次齊全，中醫藥特色鮮明的高等中醫藥院校，為地方經濟社會發展做出了積極貢獻。
面向“十二五”，學校將深入貫徹落實科學發展觀，秉承“至精至誠、惟是惟新”的校訓理念和“北華佗·南新安”的醫學傳統，進一步堅定中醫信念，弘揚中醫精神，繼續走“質量立校、人纔興校、科技強校、特色弘校、文化塑校、和諧融校”之路，解放思想，搶抓機遇，深化改革，加快建設，為創建富有特色、卓有貢獻、高水平有影響的安徽中醫藥大學努力奮斗。
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