香港環境保護署(環保署)于1986年成立，負責統籌及推行預防和管制汙染的工作。由1986年至2005年3月31日期間，環保署主要負責執行環保法例和推行環保政策，而環保決策則由相關的政策局制訂。爲使環保署能發揮更高效率，集中全力處理保護環境的工作，在2005年4月1日，環保署與前環境運輸及工務局內負責環保決策的環境科合並。而主管該環境科的常任秘書長則兼任環保署署長。在這項安排下，環保署可同時擬訂和推行環保政策。 政府總部決策局于2007年7月1日重組後，新設的環境局負責監督環境保護、自然保育、能源及可持續發展等政策的擬訂和推行。 環境局局長下之常任秘書長亦同時兼任爲環保署署長。
環保署現時的組織架構轄下主要分爲3個營運科、6個政策科、1個跨境科及1個部門事務科。各科的職責如下：
•環境基建科：負責規劃、發展和營運廢物管理設施，如策略性堆填區、廢物轉運站、已修複堆填區、化學廢物處理中心及發展汙泥處理設施等。
•環境評估科：負責評估各項政策與策略性及本地計劃的環境影響，並處理根據《環境影響評估條例》提交的環評程序申請事宜。環境評估科亦負責制訂環境影響評估與環境噪音管理的政策、策略性規劃及工作綱領。
•環保法規管理科：負責執行汙染法例，鼓勵和協助環保營商，做到遵守或甚至超越環保條例的要求。
•空氣質素政策科：負責制訂空氣質素管理的政策、策略和工作綱領範疇。
•水質政策科：負責爲水質管理方面制訂政策、策略性規劃和發展項目，其中包括規劃汙水處理政策及由渠務署履行的策略性汙水規劃和汙水處理收集系統基建設施以配合發展需要。
•廢物管理政策科：負責制訂廢物管理的政策、策略和工作綱領範疇，當中包括生産者責任計劃以及推行「綠在區區」計劃。
•廢物管理(特別職務)科：負責制訂政策、策略、立法建議、管理及公衆參與項目活動，以推行都市固體廢物收費，並負責制訂建築廢物管理的政策。
•減廢及回收科：負責統籌有關減廢回收的政策分析和制訂的工作，以及執行減廢計劃和落實推動回收業可持續發展的各項加強措施。
•自然保育及基建規劃科：負責制訂自然保育政策和發展綜合廢物管理設施，並且發展有機資源回收中心以及推行減少廚余計劃。至于推行自然保育政策的工作則由漁農自然護理署負責。
•跨境及國際事務科：負責與內地及海外機關就共同關注的環保事務保持聯系，並協調在本地實施《斯德哥爾摩公約》及《氣候變化框架公約》的有關要求。
•部門事務科：負責部門行政支援、會計、資源管理、人力資源管理、資訊技術及知識管理，並且就人力資源管理的改革及部門發展提供支援。
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